El grado académico Magister en Educación se crea el año 2000, mediante Resolución exenta número 04131. Cuenta con las menciones: Currículum y evaluación, Gestión educacional, Orientación educacional y consejería vocacional.
Una década más tarde, el programa es postulado a acreditación nacional de postgrado ante la Comisión Nacional de Acreditación (CNA). En acta sesión 457 del 2011, la CNA decide no acreditar el programa, fundada en la detección de una serie de debilidades que recomienda subsanar previamente, entre las cuales se refieren: falta de pertinencia y claridad de los requisitos de ingreso de los postulantes que son seleccionados por el programa; plan de estudios desactualizado; disminución de la tasa de graduación oportuna; plan de estudios excesivamente largo y recargado de asignaturas y falta de pertinencia entre el foco profesional de las asignaturas y el trabajo de graduación.
La evaluación y recomendaciones de la CNA sirvieron como instrumento de motivación de académicos y directivos del Magister, quienes el año 2012 asumieron la responsabilidad de revisar arduamente el plan de estudios para emprender procesos de innovación curricular que concluyeran con la validación de un plan de estudios pertinente, contextualizado, ligado al estudio de los desafíos y problemas actuales de la educación, con foco en la realidad de los establecimientos escolares.